L'AAESEMO structure ses activités autour de trois pôles principaux : le Pôle Civil, qui offre une aide judiciaire et sociale aux mineurs en difficulté et à leurs familles. Le Pôle Pénal, qui se concentre sur la réparation pénale et la médiation pour les jeunes délinquants, et le Pôle Prévention, qui travaille à prévenir le harcèlement et à soutenir tant les victimes que les auteurs.​